Karl Baier ist Außerordentlicher Universitätsprofessor (2009–2020) im Ruhestand und seit 2020 Professorial Research Fellow am Institut für Religionswissenschaft. Er besitzt ein Doktorat in Philosophie (Dr. phil.1987) und einen Magister für katholische Fachtheologie (Mag. theol.1993).

Von 1987 bis 2009 arbeitete er als Assistent bzw. Assistenzprofessor am Institut für Christliche Philosophie der Katholisch-Theologischen Fakultät der Universität Wien.

2008 habilitierte er sich an dieser Fakultät im Fach Religionswissenschaft.

Seit 2009 ist er Mitglied des Instituts für Religionswissenschaft der Universität Wien, an dem er von 2013 bis 2020 als Institutsvorstand tätig war.

Er gibt seit 2010 gemeinsam mit Christian Danz das Wiener Forum für Theologie und Religionswissenschaft heraus.

2024 wurde er  Vizepräsident des Österreichischen Daseinsanalytischen Instituts für Psychotherapie, Psychosomatik und Grundlagenforschung.